jueves, 2 de abril de 2009

La IgZ/T de G. aculeatus a fondo

Hoy estoy buceando por la web introcudiendo 363 aminoácidos de esta inmunoglobulina aquí y allá en las diferentes herramientas on line disponibles, estudiando los puntos de glicosilación, que por cierto solo hay 3 posibles (muchos menos de lo que estamos acostumbrados con otras proteínas hasta ahora), también prediciendo los puentes disulfuro entre las cisteínas... y la figura caracterizando todo esto comienza a tomar forma. Aprovecho para hacer referencia a una nueva herramienta en el ExPASy de estudio de mutabilidad relativa, la verdad es que te das cuenta de que todos los programas relacionados con evolución, filogenia... al final se basan en lo mismo, no es lo mismo una mutación que conlleve un cambio en la traducción de una cisteína que de una alanina y por tanto esto se puede relacionar matemáticamente con una escala de valores que pego a continuación y obtener una gráfica de tu secuencia de interés (en este caso la IgZ/T que también os la muestro al final) y analizar los puntos débiles y fuertes en relación a su susceptibilidad de cambio:

ProtScale Tool

Amino acid scale: Relative mutability of amino acids (Ala=100).

Author(s): Dayhoff M.O., Schwartz R.M., Orcutt B.C.

Reference: In "Atlas of Protein Sequence and Structure", Vol.5, Suppl.3 (1978).

Amino acid scale values:

Ala:100.000
Arg:65:000
Asn: 134.000
Asp: 106.000
Cys: 20.000
Gln: 93.000
Glu: 102.000
Gly: 49.000
His: 66.000
Ile: 96.000
Leu: 40.000
Lys: 56.000
Met: 94.000
Phe: 41.000
Pro: 56.000
Ser: 120.000
Thr: 97.000
Trp: 18.000
Tyr: 41.000
Val: 74.000


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