lunes, 9 de marzo de 2009

Buscando en nuevas especies

Llevo buscando muchas horas los genes de los anticuerpos en los genomas de las aves.
El genoma del pollo es el que está más completo. Sus anticuerpos están secuenciados de RNAs mensajeros. Parece fácil localizarlos en el genoma, pero tras exhaustivas búsquedas no he encontrado los genes. Cansado del pollo me he ido al Zebra finch (no sé cómo es en castellano), pero me ocurrió lo mismo, he sido incapaz que localizar los genes de los anticuerpos. Si que he encontrado un trozo de IgA en un ETS (quizás haya que volver a él en el futuro). Es un tema que creo que hay que dejar hasta que aparezca una nueva versión de estos genomas.
También encontré que se están secuenciando los genomas del pavo y la codorniz por los veterinarios. La cuestón es que sus genomas no están muy accesibles.
Por lo tanto el único locus genético completamente secuenciado de aves es el del pato. Nos quedamos con la duda de si todas las aves van a tener las mismas clases de anticuerpos.
Mirando en la base de datos del GENBANK he encontrado que han introducido la secuencia del RNA mensajero de la IgD del ornitorrinco y que la han sometido a publicación. Creo que los autores son los mismos chinos que introdujeron en GENBANK las secuencias de los anticuerpos de Anolis carolinensis. Al final parece que su artículo (el que escribieron el verano pasado) no debió ser publicado o va a ser publicado junto con el nuestro. Da la sensación de que la publicación de la IgD del ornitorrinco puede que la lleven a cabo ya que el artículo lo firman con K. Belov, aunque va de penúltimo nombre. Los autores no tienen practicamente ninguna publicación, por lo tanto si nos damos un poco de prisa no creo que sea problemático para nuestra publicación.
Por casualidad he mirado el genoma del armadillo. He encontrado los tres últimos dominios de la IgM que me han valido para hacer un árbol filogenético. He visto que este animal tiene un tiempo de divergencia del resto de los mamíferos parecido al de los marsupiales. Por lo tanto el locus puede ser interesante estudiarlo. En principio los marsupiales no tienen IgD con lo cual no aporta ninguna información adicional. Sería interesante buscar un mamífero que tuviera alguna IgD con una estructura intermedia entre la del ornitorrinco y la de los mamíferos de con pezuña o primates (el armadillo podría ser uno de ellos).

No hay comentarios:

Publicar un comentario