lunes, 9 de marzo de 2009

Secuencias de retrotrasposomas en vez de IgD en el colicorto

He encontrado el locus IGH de Monodelphis doméstica (marsupial). En él aparecen todos los anticuerpos clásicos de los mamíferos, ya estudiados en este animal a nivel de RNA mensajero. No aparece la IgD ni la IgY que hemos encontrado en el ornitorrinco. Otro dato de interés es la presencia en el genoma de tres IgM. Dos de ellas se encuentran en el cromosoma uno y la otra que puede ser un pseudogen está en un segmento no asignado cromosoma todavía.
Parece que el estudio de este locus no nos va a dar nada de interés. Pensando más detenidamente puede que nos diga algo. Los marsupiales divergieron del resto de los mamíferos poco después de que lo hicieran los monotremas. Por lo tanto es sorprendente la desaparición tan abrupta de dos genes que han sido muy importantes en evolución hasta esos momentos. La zona que hay entre la IgM y la IgG es muy extensa. En esta zona es fácil comprobar la existencia de un gran número de secuencias víricas repetidas. Éstas secuencias configuran genes únicos con un solo exon y sorprendentemente no existen codones stop en la secuencia. Estadísticamente es imposible que una secuencia de unas 1000 pares de bases no se genere un codon stop a no ser que haya una selección positiva que mantenga la trama de lectura. Además estas secuencias viricas parece que están colocadas de forma alternativa en una y otra dirección del DNA generando enormes palindromes. También es de destacar la gran similitud en secuencia entre ellas.
Será necesario gastar algo de tiempo en este locus ya que las secuencias víricas también las hemos observado en los genes de Eublepharis macularius, sobre todo en los genes generados por procesos de recombinación.

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