Las bases de datos EST

Cuando empezamos a realizar el estudio del locus IGH de Eublepharis macularius todo lo teníamos que hacer nosotros. Extraer DNA y RNA, realizar PCRs y RT-PCRs y posteriormente secuenciar los productos. Ahí no acababa el trabajo; las secuencias fueron sometidas al paso por múltiples softwares para sacar la información relevante.

En la actualidad ha cambiado todo. El trabajo manual y experimental de laboratorio ha desaparecido. Gente con impresionantes máquinas secuencian el genoma completo de diferentes especies y dejan estas secuencias para su uso público. Incluso esta secuencias son introducidas y pasadas por diferentes softwares intentando sacar la información relevante. En la actualidad sólo queda una cosa que es lo que estamos haciendo nosotros. Personas que tienen conocimientos sobre el tema revisan los datos y ordenan la información para la realización de la publicación científica.

Hago esta reflexión debido a que he introducido en los estudios las bases de datos EST. En el trabajo experimental que realizamos con Eublepharis macularius una de las partes más complicadas era el trabajar con RNA. Esto lo hacíamos para ganar confianza en las predicciones génicas que habíamos hecho a partir de las secuencias del DNA genómico. Como todos los genes eran definidos informáticamente era necesario la secuencia del RNA mensajero para confirmar los límites exón-intron y las diferentes formas probables del gen. En la actualidad la totalidad de proyectos de secuenciación de un genoma se acompaña de una secuenciación de EST (en realidad no sé lo que significan estas siglas). Lo que sí he visto es que son secuencias de cDNA de diferentes tejidos. Por lo tanto para nosotros esto cierra el círculo. Podemos hacer el estudio de un locus genético identificando los genes informáticamente y posteriormente confirmar estas predicciones mediante el estudio de las secuencias ESTs del proyecto. En una palabra han logrado hacer digital una cantidad enorme de trabajo manual