Una mirada general al locus IGH del medaka (Oryzias latipes, en la imagen únicamente un trozito del locus) evidencia una distribución de los genes de los anticuerpos y exones que va a ser difícil de interpretar. Existe procesos de duplicación de largos segmentos de la secuencia y parece que ahí únicamente dos clases de anticuerpos IgM e IgD (aunque puede haber tres o cuatro isotipos de cada una de ellas). Pero tanto la IgM como la IgD tienen peculiaridades.
Existe una IgM de aspecto normal con cuatro dominios de inmunoglobulinas y que supongo que será la fundamental del pez (no es la expresada en el gráfico). A su vez existen otros genes conformados por dominios de inmunoglobulina de IgM pero son genes con únicamente tres dominios (sería el primer caso de una IgM de tres dominios). La cosa se complica cuando he determinado que el dominio que falta es el CH3 (en un anticuerpo siempre que falta un dominio el ausente es el CH2). Para complicar más la cosa he buscado las base de datos EST y encontrado que el RNA mensajero de estos genes de tres dominios de IgM solamente tienen dos (los correspondientes a los dominios CH1 y CH2). Así que el gen de la "IgM especial" del medaka (quizás haya que ponerle un nombre propio) está conformado por dominios de IgM 1, 2 y 4. Además tras ellos existe en dos dominios trasmembrana (sorprendentemente cada uno de los dominios codifica para una hélice alfa hidrofóbica). Este gen genera un RNA mensajero con los dominios 1, 2, TM1 y TM2. Este anticuerpo no se parece a ningún otro anticuerpo publicado. Todas las EST que encontraron son de membrana (parece que no existe forma secreta). Tampoco he encontrado ninguna EST que tuviera el dominio 4.
La cosa no acaba aquí. Existen en el locus dominios de IgM sueltos o interpuestos entre los dominios de la IgD. La conclusión que saco de forma provisional es que en este locus ha debido ocurrir recientemente una catástrofe con un gran número de recombinaciónes en la cual se han destruido y se han creado nuevos genes. Probablemente debió de ocurrir hace poco tiempo y no ha dado tiempo a la mutación estocástica evolutiva a ir borrando los exones que han caído dentro de zonas no codificantes. Es la única forma de poder explicar la existencia de exones perfectos pero que no pasan a RNA mensajero.
Es necesario algo de tiempo para madurar estas ideas o cambiarlas. El estudio no está en absoluto completo.
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