El locus IGH del medaka parece complejo y confuso pero puede que todo sea simple. Lo de complejo y confuso viene por el hecho de que se encuentran numerosos exones para codificar genes de cadenas constantes, pero no queda claro que el conjunto de estos exones puedan codificar un anticuerpo real. La situación es tan confusa que es mejor clasificar las 500,000 pares de bases que componen el locus en zonas. Existen cinco zonas claramente delimitadas con exones que codifican para las regiones constantes de anticuerpos. En estas zonas hay exones para codificar una o dos IgM y probablemente una IgD. Pongo una figura con el esquema de la Zona 2 que es muy similar al resto que los otras 5 zonas. Como puede verse detrás de tres exones de IgM hay un exon de IgD y de nuevo vuelve haber exones de IgM y de nuevo exones de IgD. La conclusión es que varios de estos exones parecen haberse barajado. A pesar de toda esta organización de exones no he podido encontrar ninguna EST con estas secuencias, indicando que probablemente la Zona 2 no codifique a ningún anticuerpo real.
Ha habido por lo tanto procesos de duplicación y recombinación múltiples que no han debido generar una organización genética viable para producir un anticuerpo real. Este proceso ha ocurrido hace tan poco tiempo que los exones tienen secuencias idénticas no existiendo ninguna mutación. Por lo tanto no llegan a ser funcionales probablemente porque se han perdido secuencias regulatorias o estructurales necesarias para el proceso de transcripción.
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